Andrzej Małyszko urodził się 23 marca 1940 roku w Wilnie. Był najmłodszym synem Marii z domu Kwiatkowskiej i Andrzeja Małyszko. Miał starszego brata. Ojciec Andrzeja Małyszko dzięki pomocy stryja, Jana Małyszko, który pracował w seminarium duchownym, po powodzi w 1939 roku zaczął pracę w Katedrze Wileńskiej.
W sierpniu 1944 roku brat Andrzeja Małyszki zmarł na zapalenie wyrostka w wieku 10 lat. Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Polski w 1944 roku ojciec Andrzeja Małyszko został natomiast aresztowany przez NKWD i zesłany na przymusowe roboty do kopalni węgla w Dzierżyńsku w Rosji.
Okres okupacji Andrzej Małyczko spędził w rodzinnym Wilnie. W 1945 roku wraz z rodziną wyjechał na Ziemie Odzyskane. 19 października 1945 roku trafili do Ostródy. Zamieszkali przy ulicy 1 Maja, obecnie Jaracza.
Andrzej Małyszko obecnie mieszka w Rusi koło Olsztyna. Współpracuje z Muzeum Warmii i Mazur, Muzeum w Ostródzie i jest wielkim pasjonatem historii regionu.
